2000年10月4日注定是小肠移植发展历史上一个里程碑式的日子，因为这一天见证了美国医疗保险机构（Medicare）首次将小肠移植和腹腔多器官簇移植纳入联邦医疗保险范畴。随后，美国卫生保健财政管理局（HCFA）决定将这一项新的国家医疗保险于2001年4月开始执行，患有不可逆性肠功能衰竭的病人将从中受益。首批被Medicare批准的3家可进行小肠移植的中心是：Pittsburgh大学医学中心，Maimi大学移植中心，和纽约Mt. Sinai医院。
美国卫生福利部（HHS）秘书长Tommy G. Thompson说：“这一决定为参加了医疗保险且需要接受小肠移植治疗的人们带来了希望，甚至为他们带来了新的生命。尽管只有少数人能从中受益，但这反映了我们想要让近4千万医疗保险受益人从最先进的技术和治疗手段中受益的决心。”
HCFA临床标准与质量办公室主任Jeffrey Kang博士说：“通过将一些被证明为有效和有益的医疗手段纳入到医疗保险的范畴中，我们正在改善依赖医疗保险的老年人和残疾人的医疗状况。”
为了制定这项将小肠移植纳入全美医疗保险范畴的决定，HCFA对手术操作的相关文献进行了研究，并就技术问题与联邦研究与质量局进行了探讨。在此项决议实施前，几乎没有保险公司将小肠移植手术列为常规保险项目。
美国的医疗保险机构Medicare（老年人医疗保险体系）和 Medicaid（低收入者医疗补助体系）将小肠移植纳入其医疗保险范畴在小肠移植发展历史上被认为是一个里程碑的事件，它标志着小肠移植的疗效在美国获得承认，小肠移植从医学实验阶段进入临床应用阶段。同时，Medicare和Medicaid以及随后加入的商业医疗保险解决了部分病人就医的经济问题，对小肠移植的发展产生了巨大促进作用。但是Medicare和Medicaid服务中心对其支付保险费用的小肠移植医学中心的要求极为严格，能够进入Medicare和Medicaid保险支付范畴的小肠移植医学中心必须满足2个条件，其一是在申请的12个月里必须至少连续完成10例小肠移植，其二是这些病人的1年生存率在65%以上。至2006年1月，Medicare和Medicaid服务中心批准小肠移植的医学中心已由最初的3家增加至8家，另增加的5家分别是2001年5月增加的Nebraska医学中心、2003年5月增加的UCLA医学中心、2004年6月增加华盛顿DC的Georgetown大学医院、2005年7月增加的Indiana大学和2006年1月增加 Pittsburgh大学儿童医院。美国2008年度的OPTN/SRTR（organ procurement and transplantation network/scientific registry of transplant recipient）年度报告中显示，目前美国小肠移植病人的治疗费用中41%来商业医疗保险、44%来自Medicaid、9%来自Medicare以及6%来处其他。
