肠功能衰竭是指肠功能障碍导致病人确实丧失了或即将丧失营养自主性。肠衰竭的病因可分为2类：一类为肠道解剖学上缺失，即因为各种原因所致小肠广泛切除术后导致的无小肠或超短肠综合症。这些原因包括先天性小肠闭锁、肠扭转所致小肠广泛坏死、坏死性小肠结肠炎、创伤、肠系膜血管或门静脉系统血栓形成或缺血、克罗恩病反复手术所致小肠广泛切除，尤其是超短肠病人（成人<50cm，儿童<25cm）；另一类是肠道虽然存在，但由于先天或后天原因导致小肠严重的动力或吸收功能障碍而导致肠功能丧失。对于肠功能衰竭的发病率，我国还没有文献报道，但是欧洲的1份多中心调查资料显示每年肠功能衰竭的发病率估计在每百万人中2-6.8例。
肠功能衰竭的另一种维持生存的治疗方式是全肠外营养（total paraenteral nutrition，TPN），以及随后发展而来的家庭肠外营养（home paraenteral nutrition，HPN）。历史上，在20世纪70年代开始应用于临床的TPN，客观上延缓了人们对小肠移植临床应用探索的紧迫性，使小肠移植研究停顿了近15年。然而，如同慢性肾功能衰竭病人应用血液透析维持生存一样，TPN维持肠功能衰竭病人的生存也有许多问题。即使在美国经验丰富的医疗中心，接受TPN病人的1年生存率也只大约是90%，与有经验的小肠移植中心的病人生存率相当，但长期TPN治疗经常伴有并发症。多项病例研究报告长期TPN的3年和5年生存率依次分别是70%和63%。长期TPN导致的肝脏损害被普遍认为是最致命的TPN并发症，50%接受连续TPN治疗的成人和儿童将最终发生肝脏损害，尤其值得关注的是，肝脏损害持续存在的大多数病人在发生肝脏损害的1年内死亡。中心静脉导管的插管部位有血栓形成、反复发生导管相关性的脓毒症、脱水、肾结石和电解质紊乱，都是TPN常见的其他并发症。
由于近年来小肠移植多种关键技术的进步，小肠移植的病人和移植脏器的存活率大大提高。Pittsburgh大学小肠移植病人和移植脏器的1年存活率分别达92%和89%，小肠移植病人的5年生存率也已高达75%，与TPN或HPN相比较，达到相当水平，但小肠移植的价效比（cost-effective）优于HPN。曾经有研究对美国的小肠移植和TPN的费用进行过比较，小肠移植的价效比优于TPN，尤其是以2~3年的总费用进行比较，小肠移植总费用非常显著低于TPN的总费用，而在移植术后2~3年后，小肠移植效价比的优势更是非常突出的显现出来。与TPN相比，小肠移植术后的生活质量改善非常显著，尤其是按目前Pittsburgh免疫抑制方案，病人仅需口服少量的免疫抑制剂，许多儿童重新进入学校学习，成人重新工作，回归社会。2009年的ITR资料统计显示，在全球已完成的小肠移植病人中，超过60%的病人在移植术后获得完全的移植肠功能，并彻底摆脱了TPN支持，另有近10%的病人获得了部分移植肠功能，仅需间断补充肠外营养。小肠移植术后的生活质量明显改善，近70%的病人移植术后生活质量评分——Karnofsky评分高达90~100%，另有超过10%的病人Karnofsky评分超过60%。
小肠移植原先的适应证是肠衰竭接受TPN后，反复出现感染、肝功能衰竭或失去静脉通道的建立，而今有了很大改变。事实上，ITR结果显示近年来小肠移植前病人在家中的数量比例远高于病人仍住在医院中，提示移植前病情状态稳定的病人接受小肠移植的数量大大增加，而且这部分病人的术后生存率（80%~100%）显著高于仍在住院的病人（40%~60%）。因此，肠衰竭治疗的天平开始由HPN向小肠移植倾斜，一旦病人不能依赖肠道吸收营养维持生存，应尽早进行小肠移植。在2001年5月召开的第7届国际小肠移植会议上，对于TPN和小肠移植的关系形成的共识是：肠衰竭病人能耐受营养支持者，首选营养支持；不能耐受营养支持，病情继续恶化者，选择肠移植或肝小肠联合移植。至2005年7月第9届国际小肠移植会议时，对于TPN和小肠移植的关系有了重新认识。由于小肠移植疗效的提高，对不可逆的肠衰竭病人应尽早行小肠移植。
Abu-Elmagd等总结Pittsburgh大学近20年完成的453例病人接受的500次小肠移植的资料，这些病人术前接受TPN的平均时间为36~40个月，对于单独小肠移植而言，接受TPN时间少于12个月的病人长期生存率远远高于接受TPN时间长于12个月的病人，提示一旦发生肠衰竭并不能摆脱TPN时，应尽早进行小肠移植。
目前美国小肠移植的适应症多是不可逆肠衰竭伴有TPN并发症或具有发生并发症风险的病人。如美国Medicare和Medicaid服务中心确定能够享受医疗保险的小肠移植适应征为：①即将发生或已有明显的TPN导致肝功能损害；②2条及2条以上的中心静脉血栓形成；③每年发生至少2次需住院治疗的导管相关全身脓毒症；④发生1次以上插管相关的真菌血症、感染性休克或急性呼吸功能窘迫综合征；⑤除TPN以外，尽管接受静脉补液，但仍频繁发生严重脱水。OPTN/SRTR的2008年度报告显示，根据美国目前的小肠移植适应症标准进入UNOS等待小肠移植的病人在等待期间的死亡率远高于肾、心、肝、肺其它大器官移植，提示目前的小肠移植适应症标准过于严格。因此，Pittsburgh大学小肠移植中心的Abu-Elmagd教授在最近提出，希望美国医疗行政机构将小肠移植的适应证从不能耐受TPN（“TPN failure”），放宽至短肠综合症综合治疗和非移植手术治疗失败的病人。换句话说，一旦短肠综合症病人的残存小肠康复治疗和非移植的外科手术治疗失败，无法摆脱TPN而生存，就应尽早接受小肠移植。随着小肠移植疗效的提高，对于肠功能衰竭的病人的治疗，正如同慢性肾功能衰竭病人治疗措施——血液透析和肾移植关系一样，小肠移植正从过去不可逆肠衰竭合并TPN支持失败病人的救命治疗措施，转变为与TPN相比，能显著提高生活质量的治疗手段。
